Há poucos suplementos com contra-indicações, uma vez que estamos a falar de suplementos alimentares, por isso, alimentos e não medicamentos. Contudo, dentro dos suplementos com contra-indicações convém destacar o Extreme Cut (Energy e Woman) dada a natureza termogénica dos mesmos (contêm cafeína) ser contra-indicado para indivíduos com problemas cardíacos ou do foro psíquico.